Struktur Organisasi IPINAT terdiri dari :
1. IPINAT Pusat
2. IPINAT Wilayah
IPINAT Pusat berfungsi sebagai koordinator, motivator, fasilitator dan administrator dari IPINAT Wilayah.
- IPINAT Wilayah didirikan ditempat yang dianggap perlu di wilayah Indonesia atau luar negeri atas usul dari IPINAT PUSAT atau IPINAT Wilayah yang telah bediri maupun sekumpulan alumni yang ada di wilayah tersebut.
- Luas Wilayah IPINAT Wilayah yaitu kabupaten atau kotamadya atau kota administratif di wilayah Indonesia atau suatu kota di luar negeri.
- Alumni yang bertempat tinggal di suatu wilayah, namun belum berdiri suatu IPINAT Wilayah, maka alumni tersebut menjadi anggota IPINAT Wilayah terdekat.
